Поизучав предметную область подробнее, я пришёл к тому, чтобы для уровня иметь одну сцену, а её наполнение формировать по данным из некоторого файла. Я использовал XML, т.к. тогда это было популярно (позднее для настройки уровня был подключен Tiled, который как раз умел экспортировать в XML). Билд тут же сдулся до 20Мб. А подход подарил невероятное количество всяческих бенефитов.
Кто-то в Gamedev действительно написал про разработку игр. Невероятно!