Структура хаба оправдана повествованием. Герой — оперативник, а значит, он будет заниматься расследованиями и обыскивать уровни в поисках улик. Также он должен обыскать всё, иначе рискует упустить важную деталь, при этом важно оставаться незаметным, чтобы не привлекать лишнего внимания. В отличие от создателей Марио, разработчики Deus Ex дополняют свою вселенную тематическим слоем, поднимают социальные проблемы. Например, на одном из артов к Deus Ex: Mankind Divided изобразили плакат с надписью «Augs Lives Matter».