Действие игры разворачивается в XIII-ом веке на острове Цусима, который претерпевает монгольское вторжение. Главный герой, Дзин Сакай, оказывается одним из нескольких выживших в бою с монголами самураем. Спасённый девушкой-воровкой Юной, он узнаёт, что его дядя, господин Симура, правитель провинции, взят в плен. Лишившись в детстве своих родителей и выращенный дядей, Дзин движим не только кодексом чести самурая, но и чувствами к единственному члену своей семьи. Потерпев неудачу при атаке в лоб, Дзин начинает прислушиваться к советам Юны, которые полностью противоречат кодексу самурая. Чтобы спасти своего дядю и, в последствии, весь свой остров, свой народ, Дзин всё больше склоняется к бесчестным методам борьбы, убивая своих врагов из тени со спины, используя яд и страх, родившейся легенды о Призраке, который покарает всех захватчиков. История интересная, поднимает ряд философских вопросов: о чести, о семье, о власти и её природе, о возможности победы над монстром, сохраняя при этом свою человечность. Тем не менее, она не раскрывает их до конца, не раскрывает так как могла бы, просто не использует инструменты, предлагаемые видеоигрой.