По пути к тестовой камере, помимо всяческого надоедания своим коллегам, Гордон облачается в специальный защитный костюм H.E.V. (Hazardous Environment Suit), который разработали ученые комплекса. Костюм не простой, а автономный и интеллектуальный, со своим ИИ и различным функционалом защиты своего носителя от негативного воздействия агрессивной внешней среды. В процессе испытания Гордон помещает "Зений" под луч антимасс-спектрометра, что вызывает неконтролируемое явление, именуемое "Каскадным резонансом". Вследствие этого явления начался так называемый "Портальный шторм", представляющий собой беспорядочное открытие и закрытие порталов между нашим миром и пограничным миром "Зен". Благодаря H.E.V., Гордону удается пережить резонанс, но он обнаруживает, что облик комплекса совершенно изменился, а на территорию комплекса начали телепортироваться существа, ведущие себя крайне агрессивно. Помимо этого, правительство направляет в "Черную Мезу" спецподразделение HECU (Hazardous Environment Combat Unit), которое должно "скрыть" все следы эксперимента и устранить всех его свидетелей. Гордону ничего не остается, как постараться выжить, пробираясь через ставшие смертоносными секторы полуразрушенного комплекса.