10 лет назад под поверхностью планеты Зебес наемники, известные как «Космические пираты», были побеждены межзвездной охотницей за головами Самус Аран. Спустившись в самое сердце пиратской цитадели, Самус истребила энергетических паразитов, именуемых "Метроидами", и победила Mother Brain, предводительницу пиратской орды.
Но Космические Пираты были далеки от полного уничтожения. Несколько пиратских исследовательских кораблей находились на орбите Зебеса, когда Самус сражалась на поверхности планеты.
После падения Mother Brain корабли сбежали в надежде найти достаточно ресурсов, чтобы восстановить свои силы и отомстить.
Обнаружив возможную колонию пиратов на планете Таллон IV, Самус снова приготовилась к войне, надеясь навсегда покончить с пиратской угрозой.