Со слоями связана ещё такая особенность, что спавнить объекты можно как через загрузку "префабов" (метод LoadNode()), так и через создание клонов от уже размещённого и скрытого где-то внутри нужного слоя объекта (через метод Clone()). Второй способ позволяет получать новые копии сразу в нужном слое (что может быть важно, если, например, их все нужно одновременно выключить), а также вносить различные дополнительные изменения в исходник клона, перед самим клонированием. Собственно, первый способ, как правило, требуется для разовой предварительной загрузки объекта, а клонирование для постоянного спавна, например, следов, выстрелов и так далее.
Изображение на первом скрине что-то очень напоминает...