На самом деле решение подобной проблемы было давно описано Авелоном в какой-то переведенной статье дтф. Если кратко то все побочные квесты так или иначе должны быть неразрывно связанный с основным в том же Нью Вегасе например это битва за дамбу Гувера. И практически все квесты в первом акте так или иначе рассказывают тебе позиции сторон, что зачем и почему. Плюс опять же главный квест будь то приход великого зла или там спасения мира должен быть рядом, но тем не менее не настолько чтобы ты должен бросить все дела и идти спасать мир, тогда норм. Еще неплохой вариант был в диалогии Dead Rising(Диалогии потому что потом это убрали) вот у тебя есть событие которое произойдет тогда-то тогда-то, в независимости от того приходишь или нет игра продолжается просто идет по разным веткам, воть.