1) как сильно можно модифицировать корабль свой?

Можно хоть с нуля свой создать. Строительных элементов много.

2) можно ли исследовать всю планету или там только локации на планетах к которым есть доступ?

Как-бы можно, но нахуй не надо. Планеты поделены на биомы с идентичной поверхностью.

3) тут дрочка ресурсов ради ресурсов или есть какой то смысл?

Дрочишь ресурсы, чтобы улучшать корабль, строить аванпосты и апргейдить пухи с костюмами.