Композиция заняла первое место в американских чартах Album Rock и Modern Rock журнала Billboard, продержавшись на вершине первого из них восемь недель. В чарте Billboard Hot 100 Airplay песня поднялась до 33-го места, став первым синглом Pearl Jam, попавшим в топ-40. За пределами США «Daughter» достигла 16-го места в Канаде, а в Ирландии стала самым успешным синглом группы, заняв четвёртое место и став их второй композицией в местном топ-10. В других странах песня добралась до 11-го места в Новой Зеландии, 18-го — в Австралии и Великобритании.