Сталкивался с другим. Физика работала по другому когда собирал ехе. Дело оказалось в настройках Ригибоди. В частности столкновений и интерполяции. Выставил по дефолту и проблемы исчезли. Что конечно жесть.

Думаю что для вашей проблемы можно попробовать что то подобное.