Halo 2 добилась огромного успеха у критиков и продалась большими тиражами, но её разработка негативно сказалась на студии Bungie. Процесс создания игры был сложным и спешным, что привело к сокращению финального акта кампании. Bungie открыто признала недостатки игры и видела в Halo 3 возможность исправить ошибки Halo 2, удовлетворив фанатов и завершив трилогию. Изначально предполагалось, что Halo 3 станет последней игрой серии, которую студия разрабатывала перед переходом к новым проектам.
К тому моменту в Bungie нарастало недовольство приобретением компании Microsoft в 2000 году и стремление к более справедливому распределению прибыли от Halo 3. В результате было заключено соглашение, по которому Bungie становилась независимой студией после выпуска ряда новых игр серии Halo.
После выхода Halo 2, соучредитель студии Джейсон Джонс взял творческий отпуск, оставив команду разработки Halo 3 без ключевого лидера. В студии возникли споры о том, кто должен возглавить творческое направление новой игры, и долгое время ясного руководства не было. Сценарист Джозеф Стейтен также взял отпуск после конфликта с другими членами команды, что затруднило работу над сюжетом.