Прочитал не по диагонали и понял немного лучше. Ты используешь отдельные материалы в 3д программе для разделения материал, что в корне неправильно, учитывая что все текстуры занимают одно текстурное пространство (как уже упоминал Хухлё).
Подобное разделение можно сделать и используя один материал, для этого надо забейкать MapID, эта штука берется с хайполи, и там бейкается либо цвет материала, либо цвет вертексов, как тебе удобно (я бы порекомендовал в качестве лоуполи экспортировать меш с одним материалом, а в качестве хайполи текущий меш, на котором много материалов и забейкать MapID), после чего ты сможешь создать папку и сделать ей автомаску с помощью команды Add mask with color selection, после чего надо просто пипеткой выбрать нужный цвет. В итоге у тебя будет легкое разделение по материалам внутри пейнтера, но не нужно будет пользоваться сторонними программами типа Texture Set Combiner.