Чем плохи GameObjects в Unity
Структура сущностей (GameObjects), основанная на компонентах, дает много преимуществ: подталкивает пользователей отдавать предпочтение композиции, а не наследованию, сохраняет классы небольшими, чистыми и сосредоточенными на одной ответственности, а также способствует модульности. Но это в идеальном мире.
Давно не использую Unity, но приписывать всё это конкретно к Unity-проблемам, и делать из GameObjects какое-то зло - неправильно. Вышеперечисленные моменты касаются многих движков - количество объектов и их структурирование важны, пул объектов помогает, хотя и не везде применим, кэширование - хорошая практика, минимизация лишних вызовов в цикле и вобще - хорошая практика, сборщик мусора имеет свои нюансы, и так далее.
В разных движках, естественно, данные проблемы решены несколько иначе, но за это уплачена разная цена - не хочешь использовать GC, тогда вот тебе какие-нибудь плюсы и иди работай с памятью сам. Это не какие-то очередные GameObjects во всём виноваты, а те разработчики, которые специфику используемого движка не учитывают.
Действительно, проблема GameObjects везде одинаковая, не только на Unity. Стандартный GameObject подход очень легок для освоения, поэтому он привлекает разработчиков. Но под всем этим скрывается ООП, которая является очень простой парадигмой для понимания, но очень сложной в реализации.