Можно было не мучиться с булевским модификатором для окон. Создаёшь плейн, сабдивидишь его до тех пор пока не будет тебе счастье а потом два раза I чтобы инсетить каждые полигон, затем экструд всех окошек внутрь и вуаля. Если уже на готовой стене хочешь, то стену нужно сдублировать и сделать отдельным объектом и вычесть её из заранее засабдивиженного плейна булевским оператором. В итоге получится стена с правильной топологией для инсета и экструдв для окон, останется лишь сровнять её со стеной без окошек, заджойнить и поправить вершины.