Каким образом? Afterburner должен запустится, чтобы послать драйверу аппаратные настройки. Потом хоть что с программой делай хоть в сайлент, хоть в обычном режиме в рамках сеанса до перезапуска драйвера. Или можно использовать для этого другое ПО, но что-то использовать в любом случае придется.