Так, ну я попробую сформулировать именно свои субъективные выводы по этому вопросу.

Первое: начальник их закинул в тюрячку ради своего офигительного "Протокола Каллисто". Как бы вирус будет эволюционировать в естественно среде и вот это всё что он декларировал всю игру, а герои просто оказались не в том месте и не в то время, а надзиратель посчитал их хорошим дополнением к своему эксперименту ал-я в таких условиях с разными вводными и подопытными пускай побеждает сильнейший. Что Джейкоб в целом и доказал.

Второе: тут мне кажется сценаристы пытались в глубину и драму, но получилось совсем не элегантно. У Джейкоба просто была фиксация на этой игрушке, он же почти до финала пытался убедить себя, что он не виноват (пускай и косвенно и почти ничего не зная и только подозревая, но всё же) и это шарманка была для него своего рода триггером. А когда эти их девайсы соединили, чтобы он память Дэнни увидел, он через чувство вины в лице друга наконец признал правду и объект заменился на истинный, то есть колбу с вирусом. Такой вот у него катарсис. Но это моя интерпретация написанная на сон грядущий и вполне себе может быть сугубо моей личной шизой. Как-то так.