А Веном Снейк и не был злодеем в игре. И в случае, когда ему приходилось убивать своих зараженных солдат, именно его человеческие стороны проявлялись. Да собственно все катсцены на это намекали. Даже не смотря на гипнотерапию, он оставался собой. Сцена с посланием от реального Биг Босса окончательно рассеяла туман в его сознании. Он был предан общему делу, но его использовали. Реальный Биг Босс не забыл про то, что "В мире должен быть только Один Босс и Один Снейк". Он ненавидел Зиро за все, что тот предпринимал. И поэтому он устранил сначала того, с кем разделил свой титул, руками одного из своих клонов, коим командиром являлся, а потом и погиб от его (клона - Солида) руки. Физически. Учитывая, что ученые уже могли применять паразитов в своих целях, наномашины не дали ему умереть окончательно.
Про паразитов-наномашин вспоминается сериал Торчвуд. Там в тело капитана проникают наномашины, которые даже восстанавливали тело человека по мельчайшим фрагментам, включая его облик. В случае же с Биг Боссом, скорее всего, уцелел именно мозг, чье рабочее состояние поддерживали наномашины, ведь мозг является главным органом человека.
А по поводу того, кто злодей, а кто нет. Тут у каждого свои мотивы. Война, потери и несправедливость ломают людей, делают из плохих хороших и наоборот. Даже Волгин не хотел убивать Венома, потому что он понимал, что это не Биг Босс, не его враг, помешавший его планам. И обрел свой былой облик. Вспомните финальную сцену с ним. Это можно было бы списать на галлюцинации, но ближе именно такой смысл. Все относительно.
Взять хотя бы Солида. С одной стороны да. Он устранил Венома, предотвратив ядерную катастрофу, хотя учитывая планы Зиро, это вполне мог быть тот самый навязанный искусственным интеллектом враг, что было только выгодно для реального Биг Босса. Испытательный полигон для Солида. В конечном итоге пал лучший воин Биг Босса от рук новобранца-клона, была уничтожена вся база, включая женщин и детей, семьи тех, кто на ней находился. Хорошо это или плохо ? Ни то ни другое.
Убийство ни в чем неповинных гражданских никому не давало чести.
Возвращаясь к Биг Боссу. Он спасал детей с поля боя, он хотел воплотить идеалы Босс в жизнь.
Ядерное оружие было, в данном случае, только формой влияния, инструментом и силой, благодаря которым с ним стали считаться. Именно жажда мести и боль сломили его.
И, вспоминая Венома, тот тоже хотел уберечь детей от войны, поэтому спасал их с зоны военных конфликтов. Как и пытался сохранить определенные виды животных и растений.
Военный - это всегда и герой, и убийца.
Не знаю, почему все избегают этого, но я все же считаю, что Босс для Биг Босса была именно матерью. Именно эту эмоциональную связь между данными персонажами Кодзима и пытался выразить. Любовь к матери - это очень сильное чувство. Поэтому Биг Босс постоянно возносил цветы к ее могиле. Ему не оставили выбора, и с этим бременем он и умер в конце саги.
"Солдат присягает на верность своему Отечеству. Солдат обязан выполнить приказ".
Все они на самом деле были пешками и никто не хотел никого убивать.
А так они все всегда оставались просто людьми, хоть и с тяжелой судьбой.