В Assassin’s Creed Shadows игроки смогут управлять двумя героями — Ясукэ, могучим самураем, и Наоэ, ловкой ниндзя. Однако разработчики заверяют, что прохождение только за одного персонажа не приведёт к потере значительного контента — игра адаптируется под выбор игрока.