Скорее всего он просто паркует головки для экономии энергии (на ноутах это была даже особенность и фича постоянно слушать это), когда он основной он не паркует потому что используется, когда на ссд стоит система жестак не используется и периодически отдыхает. По идее это можно отключить с помощью спец утилит. Не уверен помогает ли настройка но в разделе электропитания есть пункт отключать жесткий диск через "столько то минут"