На счет Левиафана, предположу, что династия в которой передавался ген его доминанта была прервана (возможно во времена уничтожения исходного кристалла у водопада). И в силу того, что больше некому им стать, он и считается "заблудшим" и "потерянным".
Скорее всего, по каким-то причинам, разработчики не могли внести его в сюжет и способности, потому, добавив краткое упоминание накрыли его историю тайной, что как бы вписывается в мир и да, может потом использоваться в DLC

Про изменение мира... где-то слышала фразу, что в средние века достаточно 100 лет, чтобы забыть что-либо до состояния: этого никогда не было. Что собственно доказывают муглы, а потом и магия с доминантами в сцене после титров. Хотя точно неизвестно сколько времени прошло.