На текущий момент не заработало в прежнем виде, но получилось доработать:

1. Класс app--content-entry встречается не всегда. Зато app в наличии всегда. Поэтому заменил определение контейнера в subOnChanges на:

const container = document.querySelector('.app');

2. После посыпались ошибки удаления элемента DOM. Решил упростить, работая только с корневым div с классом lbs-overlay, которого нет без попапа и наоборот:

function getPopup() {
let plusPopup = document.querySelector('.lbs-overlay');
return plusPopup;
}

3. И еще одна замена в subOnChanges, т.к. теперь нужды обращаться по цепочке родителей:

container.removeChild(plusPopup);