Вроде на ютубе видел ролик по красным квадратам, где, если вкратце, объяснено, что они символизируют частички памяти. В самом начале Джеймс говорит при сохранении что кто-то будто копается в его голове, ну и в конце, собирая всю память о том, что сотворил Джеймс, мы и видим целую стену из квадратов, образующих...квадрат, типо память полностью восстановлена. В 3-м СХ с Хизер схожая тема, только там она вспоминает себя как Алессу и заодно про Лизу Гарланд.
А в 4-ке пуповина Уолтера спрятана в Красной квадратной коробке, при открытии которой мы видим его воспоминания о рождении, что уже символизирует, как я думаю, о возвращении его памяти о родителях ещё в детстве когда он пытался достучаться до "мамы" за дверью квартиры 302.