Допустим я загрузил модельку, сделал для неё риг, сделал анимацию, но мне нужно экспортировать её без сотни дополнительных костей, которые rigify создает, а простой скелет, как справа
Выдели нужное и экспортируй выбранное? Если будут проблемы, значит придется убирать лишнее.
Там проблема ещё в том, что у rigify своя иерархия костей и имена.
И разве экспортируется не скелет целиком?