Про ЧН - на то, что они связаны с О-Сознанием и раньше намёки были. Например, в ЗП в лаборатории было фото Лебедева как одного из сотрудников. По поводу враждебности Монолита - хз, я это видел как недостаточный контроль монолитовцев О-Сознанием, мол, не могли заставить их прекратить огонь по своим. Можно объяснитть секретностью - большая часть группировки вообще не в курсе всех этих дел была, суть знала только верхушка, и дружественные монолитовцы вызвали бы вопросы.

По поводу мотивации Скифа - в сцене с Агатой и Германом в НИИЧАЗ проговаривается его прошлое, он описывается как способный, но не нашедший своё место в мире парень. И дом он ищет не как четыре стены, в которых жить можно, а в более широком смысле. Поэтому он вписывается в местную движуху. Как и сотни других сталкеров, которые себе на Большой Земле места не нашли и теперь не видят смысла уходить.