Для обновления прошивки просто нужна прога Kefir Updater, ни разу ничего не перекидывал и не скидывал, обновляется самостоятельно.

Файлы и переводов и прочего моддинга ложишь в атмосферу и всё. На всякий случай из Hekate можно проверить целостность путей (или как оно там называется). Становится всё с первого раза, если что-то не сработало, то скорее всего поставил не туда.
P.s. если под патчами ты подразумеваешь образы игры следующей версии, то ты сначала должен установить САМУЮ ПЕРВУЮ версию игры, а уже затем абсолютно таким же образом перекинуть обновлённую.

Насчет близости окирпичивания хз, сделай дампы ключей и оси на комп, потому что с такими махинациями мол "перекинул туда, потом сюда, а затем вот так вот сделал" не удивляйся, если в будущем так оно и произойдет.

Все гайды и инфа тут https://switch.customfw.xyz/