Через эмудек ставится официальная флатпак версия эмулятора, чтобы управление с геймпада работало на рабочем столе необходимо зажать кнопку с тремя полосками на пару секунд, чтобы управление с рабочего режима переключилось на геймпад, тоже самое и в обратную сторону