Сора, Дональд и Гуфи забрели в Замок Забвения в поисках короля Микки и друга Рику. Там они, ввиду вмешательства тёмных сил, начинают забывать многие вещи, зато вспоминают события, спрятанные в самых сокровенных уголках памяти. Сюжет на полноценную RPG не тянет, но всё же непродолжительные скриптовые сценки способны дать игроку достаточно пищи для размышлений. Разработчики, что вполне очевидно, пытались акцентировать внимание на геймплее, новом и необычном. В плане игровой механики Chain of Memories не имеет ничего общего с оригинальной Kingdom Hearts, объединяют их только антураж и персонажи. Замок Забвения состоит из нескольких этажей, на каждом из которых расположен мир воспоминаний Соры. Чтобы пройти дальше, нужен специальный ключ. Миры сотканы из серых комнат, ведущих к важным сюжетным сценам в помещениях жёлтого цвета. Что же вас будет ждать в серых комнатах? Враги, магазины Муглов – решать вам. Игрок сам становится строителем этой вселенной, подбирая ключи комбинациями различных карт. Хотите сэйв-поинт? Или локацию без врагов, но с призом? Новые карты вместо потраченных выдаются за победу над монстрами.