В большинстве случаев, конечно, из головы. На таком уровне нет самого понятия цвет, так как это конструкт головного мозга, базирующийся на взаимодействии фотонов разной энергии с клетками сетчатки. То есть что-то в принципе искусственное.

Мы стараемся подбирать цвета так, чтобы было ощущение погружения в микромир и параллели с нашим миром. Например, хлоропласты в растительных клетках почти всегда зеленые, это связано с их спектром поглощения.

Но в целом там, где атомы - есть только спектры испускания и поглощения, а не цвета.