Второй части не существует, это всё глюки разрабов в дурке (то, что разрабы после этого прикрылись, я считаю кармой).
Там Алекса переписали чуть ли не полностью, сделав негра героическим героем (от которого убийств ещё больше, ага. И ничего что он просто мститель).

Кстати, переигрывая Prototype 1 в очередной раз, я понял как ощущают себя сверхсильные существа на манер...допустим Халка (зелёного, не Хогана) - чем выше возможности, тем сложнее действовать с минимальным вредом для невинных.

Тобиш Алекс может разнести пол улицы, но сделать так, чтобы не пострадали гражданские весьма сложно. Хочешь-нехочешь, а будут жертвы среди невинных, тем более из-за вояк, которые не стесняются бить пулемётной очередью и ракетами среди гражданских.
Гениальная игра с гениальным гг, по которой можно было бы сделать достойный фильм (3D/2D в идеале).

P.S
У фанатов Алекса есть теория насчёт несуществующей второй части - руки. Раз есть руки, значит Алекс жив. Он даже от ядерки смог регенерировать, поглотив ворона.