System Shock 2 создала Irrational Games — студия, которую основали бывшие сотрудники Looking Glass Studios. Хотя оригинал не добился коммерческого успеха, разработчики решили использовать новые технологии для создания его духовного наследника под рабочим названием Junction Point.

Позднее Electronic Arts подписала договор об издании новой игры. Купив Origin Studios, компания обрела права на System Shock, а потому Irrational Games переработала сюжет своего проекта в официальный сиквел.

За пять лет между релизами двух частей серии технологии совершили гигантский рывок вперёд. В первой игре получили своё развитие ранние методы использования 3D-графики, и она была похожа на Dungeon Crawler от первого лица в реальном времени. Сиквел же напоминает другие FPS той эпохи (например, Quake 2 и Half-Life) как внешне, так и геймплейно. В игре уделяется больше внимания действиям, а механика уровней сложности «Сюжета», «Сражений» и «Головоломок» исчезла.

Однако это вовсе не означает, что System Shock стала полноценным шутером от первого лица. Несмотря на больший уклон в сторону экшена, в сиквеле есть дополнительные элементы создания персонажа, что ещё сильнее сближает её с RPG.

В начале игры геймер может выбрать одну из трёх военных карьер, каждая из которых определяет исходные характеристики. Морпех подходит для боёв и обладает высокой физической силой и выносливостью. Представитель ВМФ специализируется на машиностроении и отличается высокими навыками ремонта и взлома технологии. Наконец, член OSA обладает псионическими способностями — эквивалент магии в мире научной фантастики.

Среди них — «Направленный криокинез» (атака с расстояния), «Выброс адреналина» (увеличивает урон героя в ближнем бою), «Церебро-стимулированное восстановление» (восстанавливает жизнь), «Рассеивание фотонов» (делает игрока невидимым), «Дистанционный взлом» (позволяет взламывать на расстоянии), «Силовой барьер» (создаёт временные щиты) и многое другое. На них тратится пси-энергия, — эквивалент маны.