В Ninja Spinki Challenges пользователям доступно шесть заданий, в которых, играя за ниндзя, нужно уничтожать противников или избегать контакта с ними. В приложении доступны два режима: соревнование на время или на количество очков. Управление в Ninja Spinki Challenges, как и в оригинальной Flappy Bird, осуществляется одним пальцем.