В трилогии буквально все указывает на вложенность матрицы:
1. Наличие выбора для видимости. Куда проще людей из одной матрицы в другую перегонять и продолжать контролировать.
2. Паранормальные способности, которые зачем-то пытаются описать удаленным подключением...
3. Воскресший Нео по скрипту...
4. Провидческий дар видеть будущее - куда проще описывается принципом работы обычных гадалок и прогнозированием.

Вам так долго показывали, что все аномалии имеют рациональное объяснение, но вы все равно считаете это фанатской версией.

Я вообще склонен считать, что биологически Нео правда умер в конце первой и дальше мы видим его софтовый бэкап, который по сути уже на самом деле является избранным. В точности, как описывала Пифия - он спас Морфиуса ценой своей жизни. И понимаю, почему это не форсят режиссёры - это м так очевидно ведь. Зачем расстраивать массы, которые любят первую матрицу за вызов системе и эпическую победу над ней, за любовь, которая побеждает все?