Любовь между Тринити и Нео.Я вот всё над своим вариантом сценария работаю и там тоже есть любовь между Тринити и Нео, только эта любовь заставляет Нео на постоянной основе сбрасывать мир матрицы, потому что архитектор решил проблему с "избранными" в своей системе.
Теперь избранный один, он умудряется выпилить других избранных на пути к цели - Тринити и пройти ровно по намеченному пути, только теперь без того чтобы отпускать людей на волю и создавать новый Зион. Люди больше не выходят из матрицы, они заперты надёжно в связи с тем, что избранный раз за разом выпиливает любую возможность выйти, а люди за пределами матрицы с трудом могут выбраться за пределы своего нового места обитания.

По сути, Нео, спасая или следуя за Тринити, не оставляет другим возможность выйти вперёд.
Люди из Нового Зиона с трудом отправляют в сердце машин послание, которое позволяет раз за разом из обломков перезапущенного конструкта создавать личность Оен, цель которой предотвратить перезапуски и устранить Нео. Но последний, с прямой поддержкой архитектора, практически неубиваем т.к. намертво скрещен с машиной, поэтому единственный способ это всё остановить - ввести Нео одновременно в экзистенциальный и логический кризис, перегрузив предохранитель и заставив его сгореть от осознания содеянного.
В конце этого сценария зритель должен проявить некое сочувствие к герою и просто пожелать ему освободиться от мук, на которые его обрекли машины и можно спокойно выпилить уже этого устаревшего персонажа, заменив его новым и запустив новый виток эволюции.
Это бы называлось "Матрица: Ошибка компиляции".