В обычной версии есть пункт меню файлы, через который можно отключить официальные плагины. В SE ни в стартовом окошке, ни в самой игре не нашёл этого. Через Vortex от Nexus Mod я их вижу, но отключить не знаю как.
А смысл? то очень легко делать меняя файлы игры. Благо модульная структура игры это легко позволяет, немного поругается на старте да и только