В основном сюжете не совсем конец основного сюжета.
Надо пройти побочные арки в снах (Асгард и Йотунхейм) и завершить все головоломки с аномалиями Анимуса в мире. Только тогда дадут объяснение, которое хоть и белыми нитками, но всё же сошьёт бессвязные лоскутки воедино.