Зависит от приложения, некоторые позволяют открывать сразу в сафари. На системном уровне никак.

Можно ли в ios отключить открытие ссылок во встроенном браузере?

Знаете, когда открываешь ссылку в gmail или skype то открывается браузерное окно. Чтобы открыть в самом Safari нужно нажать на кнопку внизу.