Все концовки в общем-то сосут жопу, но логичнее всего выглядит как раз Арасака. А как иначе попасть в здание самой ахеревшей конторы в мире, если не без помощи влиятельного лица изнутри? Кто реально может помочь разобраться с самой технологичной штукой воткнутой в голову гг, если не сама же корпа, которая эту штуку и сделала? Все остальные выглядят как тумба-юмба, а участников закатали бы на уровень грунта еще на подходе.
Хотя в общем-то всегда есть вариант поужинать свинцом на той самой крыше, что тоже хорошо вписывается.