А на диске с виндой таблица разделов - GPT ?
А винда в UEFI режиме была на этот GPT диске установлена?
Если нет, то в биосе будут включаться различные режимы совместимости csm для совместимости с старыми mbr дисками, что может вызывать всякие глюки. Проверь в биосе не включен ли boot\csm или как-то так.
И проверь чтобы об корпус ничего не коротило, как товарищ по соседству в комментариях советует. Не забудь, к слову, когда будешь вытаскивать из корпуса посмотреть не залезли ли пины от щиткам материнки в какой-инбудь из портов. Маловероятно, но он даже мог отвалиться и там застрять что-нибудь закорачивая. edit; хотя нет, чушь говорю. Какие пины если ты менял материнку. Маловероятно что два щитка оба раза куда-то залезали. Ну в целом всё равно имей ввиду, на будущее, всё равно если будешь вытаскивать проще будет глянуть.