У плута в навыках есть обращение с длинными мечами, но они скалируются от силы. Как это, черт возьми, работает с плутом, у которого главная характеристика это ловкость?

Никак. Это извращение из разряда "Сделать эльфа-мага с высокой выносливостью и силой и взять в руки лонгсворд". Но в настолке существуют артефактные длинные мечи которые например бьют по ловкости/интеллекту/харизме и т.д.