Нет, состояние биома он не сохраняет.
Он тебя просто реснет в этом биоме.
То есть, прошел ты например 50% локации, юзнул реконстрор, зачистил 50% остальной карты. Пошел к боссу - на боссе помер.
Ты реснешься у реконструктура, карта так и останется защищенной и можно к боссу идти.
Имей в виду - расходники, фигугурка астронавта - если ты их потратил - тебе их не восстановят.
И да, реконструктор работает только в рамах биома.
Перешли на след.биом - ищи новый реконструктор. Старый уже неактивен будет.