Есть несколько папок с множеством папок, некоторые из которых тоже дублируются, а в папках файлы, которые в свою очередь так-же дублируются. Какая-то матрешка в кубе. Пытался с помощью ccleaner почистить дубликаты, но он их очень криво чистить, даже если выбирать из каких папок будут удалены дубликаты, плюс он не все дубликаты видит.
Некоторые инструменты может и не делают не то, что ты просишь, но могут облегчить труд в твоей ситуации.
Total Commander способен вытряхнуть все файлы в каталоге в один список, а дальше твори с ним что хочешь, сортируй, сравнивай, отбирай нужные и ненужные. Я полагаю, там есть встроенный функционал или плагин для сравнения папок и действий над разницей.
Spacesniffer - маленькая программка, которая наглядно графически показывает, где у тебя залежи особо крупных файлов, если нужно почистить место на диске и ты не знаешь в каком углу у тебя гора хлама - помогает.