Если следовать физике процесса, то логичнее расположить входные отверстия системы охлаждения внизу, т.к. холодный воздух собирается внизу, а горячий уходит наверх. Правда, т.к. на ноутах воздух захватывается со стороны дна, то при вертикальном расположении остаётся открытым вопрос: а куда, собственно, будет уходить горячий воздух? Если выходы горячего воздуха с правого и левого торцов, то по идее проблем быть не должно, а вот если выдувает ещё и сзади, то велика вероятность, что этот же горячий воздух будет засасывать обратно.
Всё зависит от расположения, проще говоря.