Синопсис второго сезона аниме Dr. Stone: Тысячи лет прошли с тех пор, как всё человечество мгновенно окаменело от загадочного явления. Проснувшись и не узнав сильно изменившийся мир, гений Сэнку Исигами застал лишь жалкие окаменевшие останки, свидетельствующие о том, что некогда здесь существовала развитая цивилизация. Парень решает вернуть прежний мир силой науки. Со временем к нему присоединяются новые друзья, и вместе они создают «Научное королевство». Огонь, утюг, электричество, стекло, мобильный телефон... На развитие от каменного века до современной цивилизации человечеству потребовалось более двух миллионов лет, однако Исигами с друзьями прошел эти этапы гораздо быстрее благодаря уже имеющимся знаниям, навыкам и усердию. Однако не всё так гладко, как хотелось бы. Бывший сильнейший ученик старшей школы Цукаса Сисио возглавляет «Империю силы», противостоящую «Научному королевству». Цель Цукасы — очистить человечество, и он сделает всё возможное, чтобы остановить развитие науки. Что же противопоставит своему сопернику гений Сэнку?