Пока наверняка сложно сказать, но учитывая вот эту фразу в официальной новости «альтернатива классическому сюжетному режиму», то можно предположить что всё-таки можно. А касательно атмосферы подозреваю что это будет повсеместное нововведение вне зависимости от режима игры, но опять же наверняка я не могу это утверждать т.к. не имею такой информации.

Для аутентичного сюжетного повествования лучше пройти сначала основную игру, уже вышедшие к ней допы и только в самом конце играть в этот (потому что общий сюжет там имеется). Но по факту дополнение скорее всего можно будет играть независимо от основной сюжетной компании, так что если очень хочется поиграть именно в него, то скорее всего это можно будет сделать.

вангую будет реализовано как режим с терминатором или "зараженными зонами", а именно включается/выключается по желанию и перезагружается карта.

Скорее всего, это будет отдельный режим в главном меню. Как было с различными режимами в Wildlands.