"Ева безусловно не единоличный проект Анно. В ходе создания оригинального сериала над ним работало 6 сценаристов, а также второй режиссер. Тем не менее именно личные переживания Анно Хидэаки отразились на характере главного героя — Синдзи."

Аниме запустили в производство, когда уже вышло 2-3 тома первоисточника — манги. Хз на что там повлияли переживания Анно, но персонажи были придуманы и прописаны ещё до того, как приступили к производству сериала. 
Что касается максимально резкой и непонятной многим концовки оригинального сериала, то на лицо стопроцентный творческий кризис автора и незнание чем закончить свое произведение. Рекомендую ознакомится с мангой, откроете для себя истинную Еву.