Импланты там не ограничиваются только лишь военной областью, про проблему в гражданском секторе автор указал. К какой мысли ты хотел подвести, когда перечислял более слабые аналоги имплантов, непонятно. Импланты лучше этих аналогов и дают преимущество, что от них и требуется. В военной промышленности очень часто таким образом и определяется превосходство.

А про Иллюминатов в игре достаточно рассказывается. Там популярно объясняется и про желание контролировать человечество (те же оружейные заводы, текстильные фабрики или университеты они в состоянии контролировать, а хаотично развивающуюся, а в будущем, возможно, и бесконтрольную, технологию имплантов не могут), и про борьбу за "естественную природу человека" (уже сам игрок решает правда это или прикрытие для первого). Правы они или нет решать игроку, Иллюминаты не провидцы. В игре ты можешь их не поддерживать и не выбирать их концовку (что я и сделал, например). Ты с ними не согласен и дальше уже сам предполагаешь как должны были бы относиться к людям с имплантами, используя такие слова как "Как следствие" или "Естественно", будто твои мысли единственно верны, но это же опять только твое предположение, сам подход к ситуации у тебя и не особо то отличается от Иллюминатов. И именно из таких полярных взглядов на импланты у сторон и состоит конфликт в игре.

Модифицированные люди должны обладать улучшенными рабочими навыками и в силу этого представлять для общества большую ценность

А что есть общество? Если это в большей массе технологически отсталое общество, члены которого стремительно теряет работу из-за этих модифицированных людей, то с чего бы такому обществу ценить этих модифицированных людей? Это как сейчас засидевшиеся люди на умирающих видах работы, которые не в состоянии адаптироваться под современный мир, винят всякую информатизацию и повальное применение технологий вместо людей во всех бедах мира. А в мире игры это общество еще и подсажено на импланты качества разной паршивости плюс с зависимостью от нейропозина, та самая кабала от корпораций. Отсюда и широкая доступность, это как огромные кредиты выдавать под большие проценты, банк разово выдаст большую сумму, но знает, что потом человек вернет гораздо больше. Вот тебе в итоге и конфликт, где простые люди, у которых нет средств на хорошие импланты и нейропозин, против корпораций и Иллюминатов, желающих контролировать эту массу простых людей, против обеспеченных и хорошо аугментированных людей, которые отнимают работу у более бедных людей.

Даже твое рассуждение во многом показывает, что тут явно не ситуация когда "конфликт этот НАЧИСТО лишён внутренней логики". А в конце странное сравнение с КП77, где вообще никакого конфликта на этой почве получается нет. Я понимаю если бы он там был, чтобы можно было контрастом показать конфликт, полный логики. То есть будто в итоге получается что твоя мысль в том, что на почве имплантов не может быть крупных социальных конфликтов, только почему так непонятно.

Однако игра часто выставляет аугментированных людей бедными и несчастными,

Ну кстати тебе же напрямую и говорится, что аугментации +- обеспеченные люди себе ставили, только потом оказалось что надо на нейропозин тратиться от которого еще и зависимость вырабатывается, и многие либо банально сторчались либо разорились на его покупке. Это не говоря о том, что там в игре тебе напрямую еще и проговаривают что недавно появились совсем дешманские аугментации (где и качество их было дно).

Механические аугментации суть не более чем продвинутые протезы. Они усиливают некоторые способности, да и то не слишком сильно. Улучшенные руки позволяют пробить дыру в стене, но маленькое взрывное устройство или тяжёлая кувалда тоже могут с этим справитьсяКак раз сейчас переигрываю в хуман революшн и ты не прав. Хотя бы потому что в нападении на корпорацию Сариф участвовали аугментированные до жопы наемники не говоря о том что про имплант позволяющий читать эмоции собеседника говорят как про что-то элитное. Сломать одним ударом ладонью наотмашь шею человеку и швырнуть другого так что пришлось большую часть тела менять на импланты сможет далеко не каждый. Плюс есть огромная разница между тем чтобы считывать что-то с помощью машины и точно знать что делать и обладать теорией и пытаться вычислить куда движется разговор. 
И разные сканеры и прочие аугментации тоже дают прямое преимущество, если я будучи полицейским увижу у тебя пистолет через одежду за который ты взялся в кармане и распознаю понюхав твои феромоны что ты агрессивно настроен по отношению ко мне и как раз идешь в мою сторону то ты врядли сможешь даже выстрелить. А вот обычный человек врядли так сможет сделать. Поэтому аугментированные люди и в фаворе.
А и еще аугментации более универсальные чем инструменты. Кувалдой ты можешь только бить стены или если очень приспичит людей, искусственными руками ты можешь поднимать тяжести, тащить что-то, крепко держать огнестрельное оружие чтобы компенсировать отдачу, бить людей в лицо, сворачивать им шеи.