Изначально это и должен был быть один единственный фильм, но после создания первого фильма у Вачовски осталась пачка неиспользованных идей и когда студия после успеха ленты в прокате изъявила желание выделить бабки на создание сиквела Вачовски согласились фильм режиссировать и писать сценарий. При написании сценария они как раз задействовали те самые "неиспользованные идеи" и придумали как фильм можно продолжить и решили, что матрица теперь будет трилогией и снимать они будут не один сиквел, а сразу два.
Это и есть ответ на твой вопрос. Студии нужно было продолжение банкета и ещё больше денег, а Вачовски возможность реализовать идеи, забракованные при создании оригинального фильма.
(Получилось, кстати, и у тех, и у других так себе)