Многие ученики жалуются на то, что их учат тому, что им не нравится и не пригодится в жизни.

Они не имеют ни базового образования, ни широкого жизненного опыта, поэтому они не могут рационально судить о таких вопросах.

Кому-то нужна математика и физика, а кому-то важно изучать историю и литературу для будущей профессии

Школа даёт некий базовый уровень по этим дисциплинам. Он нужен всем. Как вообще люди могут общаться между собой на едином языке с использованием единой базы терминов, если один на историю забил, другой на физику и так далее? Как эти люди смогут что-то обсудить, о чем-то договориться? Профессиональный уровень он глубже, но его и дают в других учебных заведениях, не в школе.

школы должны ориентироваться на предпочтения самих учеников

Только не в рамках базового курса. Кружки, секции, ради бога, выбирайте чего вам интересно.