Короче, давайте в последний раз.
2000 какой то год. На планету, с целью зачистки от врагов именуемые как Биотивы, десантируются солдаты человечества именуемые как "Ангелы", их ведет таинственная сфера мать, околобожественная сущность управляющая колониями на орбите земли. Ева является солдатом 7-го десантного отряда. Прям в день высадки её подругу и по совместительству капитана убивает Альфа-Биотив загадочный и очень опасный враг, Ева в результате боя с ним получает серьезные ранения. В последний момент Еву спасает загадочный молодой человек на аэробайке. Молодой человек оказывается сборщиком/мусорщиком последнего уцелевшего города человечества Зеон/Ксеон. В городе Ева узнает что не всё человечество погибло, но её смущает тот факт что Сфера-Мать не предприняла попыток эвакуировать людей из города на орбиту планеты. Местный старец и по совместительству глава города по имени Оркал просит Еву о помощи, город на грани гибели и им нужны Гипер-Батареи для поддержания крио-капсул в рабочем состоянии, взамен же Оркал обещает рассказать где находятся Альфа-Биотивы, жизненные ядра которых помогут попасть в логово Прайм-Биотива, виновника всех бед. Ева и Адам отправляются в подземный комплекс где находят Гипер-Батарею и послание оставленное от предыдущего отряда а именно от их капитана Ворон. После десантирования она начала вести расследования кто же такие биотивы, почему люди с ними воюют и кто такая сфера мать. Данных мало, поэтому герои отправляются дальше. В поисках второй гипер-батареи Лилит (техник отряда Ангелов) улавливает странный сигнал из глубин заброшенного комплекса передаваемого по закрытому каналу связи 7-го десантного отряда. Продвигаясь в глубь комплекса, Ева находит источник сигнала. Им оказывается Тахи, которая считалась погибшей, но она подверглась мутации и стала одним из Альфа-Биотивов. Еве приходится убить её, тем самым подарив ей покой. Это тяжело сказывается на Еве но она продолжает свое путешествие чтобы найти все сферы и положить конец нашествию Биотивов. Один из Альфа-Биотивов засел на орбитальном лифте, лифт предназначенный для эвакуации людей прямо на орбиту Земли, где располагаются уцелевшие колонии. В результате битвы с Альфа-Биотивом размером с орбитальный десантный крейсер Ева использует всю мощь своей внутренней батареи и уничтожает Альфа-Биотива, в результате чего и Альфа-Ядро уничтожается. Ева без сознания падает с орбиты земли. Лилит вызывает спасательный экзоскелет который помогает спасти Еву. Уже на Земле Адам передает по связи что город Зеон/Ксеон подвергся нападению, Оркал серьезно ранен. Ева бежит на помощь городу. В чертогах Зеона/Ксеона она находит того самого Альфа-Биотива которые в самом начале игры убил Тахи. Завязывается бой. Еве удается победить этого сильного врага, вспоров ему живот. НО! Из Альфа-Биотива показывается человеческая рука. Всё это время внутри этого Альфа-Биотива находилась капитан прошлого десантного отряда по имени Ворон. Та самая которая вела свое расследование и в итоге найдя истину, сошла с ума и предала Сферу-Мать. Она лишь говорит Еве что та всё поймет, ведь Сфера-Мать не так кем кажется, а Ева лишь пешка в её руках. Ворон убегает а мы бежим к Оркалу. Тот сообщает нам, что очень давно он был Альфа-Биотивом, он убивал ряди того чтобы убивать, но в какой то момент его сознание прояснилось и он осознал себя как живого человека. Он построил город Зеон/Ксеон чтобы искупить свои грехи перед людьми, он заботился об оставшихся людях и дарил им знания. На последнем дыхании он вырывает из груди свое Альфа-Ядро и передает его Еве, с одной единственной целью, Убить Прайм-Биотива. Ева собрала все ядра и готова к финальной битве. НО. Адам пропал и его байк передает сигнал о помощи. Ева и Лилит отправляются на его поиски. По пути они находят записи Ворона которые раскрывают суть всего происходящего. Много лет назад один из ученых создал искусственный интеллект Сферу-Мать который должен был спасти людей, но тот посчитал что спасти людей можно только одним способом это полностью их истребить и заменить на андройдов с человеческими эмоциями. Синтез Органики и Машины. Люди проигрывали эту войну и построили научные комплексы. Человечество осознало, чтобы выиграть эту войну они должны эволюционировать, и сделать они это должны в кратчайшие сроки. Эксперименты пошли не по плану, в результате чего оставшиеся люди превратились в мутантов и вырвались из комплексов. Сфера-Мать и её андройды были разбиты, они в экстренном порядке эвакуировались на орбиту земли, где основали колонии. После всей этой информации Ева уже не знает кому верить. Она следует на сигнал Адама, она всё еще намерена спасти его и уничтожить Прайм-Биотива. На пути она встречает Ворона, она уже в бреду начинает нести какую то чушь про то что именно Ворон должна была стать избранной а не Ева. Ворон нападает на Еву, но та одолевает её, но оставляет её в живых, вырывает у неё позвоночник чтобы та наблюдала за тем как Ева уничтожает её господина Прайма-Биотива. И тут выясняется...

По сюжету люди облажались с созданием ИИ, сняв с него ряд ограничений в целях ускорения технического прогресса в ниокр.В результате новый ИИ спроектировал биороботов/искусственных людей превосходящих натуральных. Потом установил диктатуру в целях ускоренияя прогресса. Люди попытались оказать сопротивление путем создания быстро адаптирующиеся организмов биологического оружия на основе человеческой ДНК, с функцией подчинения биороботов, но опять облажались, в результате остатки человечества были поглощены его же созданиями. Человечество уничтожено. А тех людей которых показывают не более чем биороботы внешне копирующие людей.