Геймплей Heart of the Machine представлен в виде симулятора колонии с научно-фантастическим сеттингом. Перед вами мир в котором нужно начать всё с нуля, но не так всё плохо. После катастрофы еще остались технологии и выжившие люди. Вам потребуется манипулировать человеческим населением, пытаясь достичь любых целей, установленных в программе искусственного интеллекта. Это может быть странным, но в прохождении игры нет победы, она не зависит от того, выживет человечество или погибнет.